Szef Krajowej Administracji Skarbowej może zlecić przeprowadzenie audyt podatkowy w stosunku do podatnika zarówno przed podpisaniem umowy o współdziałanie (audyt wstępny), jak i podczas jej trwania (audyt monitorujący), w celu oceny prawidłowości realizacji obowiązków podatkowych oraz skuteczności i adekwatności wewnętrznego systemu nadzoru podatkowego.
Audyt podatkowy może nastąpić po podpisaniu umowy o współdziałaniu między organem skarbowym a przedsiębiorstwem, którego dotyczył będzie audyt.
Podatnik jest obowiązany do przekazywania na wniosek Szefa KAS dokumentów i informacji niezbędnych do przeprowadzenia audytu podatkowego. Termin i kształt audytu jest uzgadniany bezpośrednio z podatnikiem. Audyt wstępny może obejmować 2 lata podatkowe poprzedzające rok, w którym podatnik wystąpił z wnioskiem o podpisanie umowy o współdziałanie.
Przygotowania do kontroli podatkowej należy rozpocząć od dokładnego przeglądu i organizacji wszystkich dokumentów finansowych oraz podatkowych. Kluczowe jest aby upewnić się, że wszystkie dokumenty (faktury, umowy, deklaracje podatkowe i inne istotne) są uporządkowane i łatwo dostępne dla audytora.
Niezbędna jest zatem precyzyjna analiza dokumentacji. Przede wszystkim należy sprawdzić, czy wszystkie deklaracje podatkowe zostały prawidłowo wypełnione i złożone we właściwym terminie. Zapisy księgowe powinny być skonfrontowane z dokumentami źródłowymi (faktury, umowy). Należy również zweryfikować poprawność przyporządkowania kosztów oraz przychodów do odpowiednich kategorii podatkowych.
Analiza dokumentów prowadzi często do wykrycia braków w dokumentach. Ważnym krokiem jest aktualizacja, tj. dodrukowanie lub zlokalizowania na dysku brakujących dowodów, które z pewnością będą przywołane podczas audytu.
Następnie warto zlokalizować potencjalne ryzyka. Znaczy to mniej więcej tyle, że pewne bardziej skomplikowane operacje finansowe, podejmowane przez przedsiębiorstwo, mogą wydawać się na pierwszy rzut oka audytora niejasne i nieprawidłowe. Należy się upewnić, że każda podparta dokumentem finansowym operacja może być w klarowny sposób wyjaśniona bez potrzeby podejmowania dodatkowych poszukiwań.
Warto również mieć pod ręką specjalistów z zakresu finansów i prawa podatkowego. Doradca podatkowy wewnątrz organizacji to najlepsza droga, aczkolwiek warto też skorzystać z pomocy zewnętrznych doradców przeprowadzających wstępną analizę.
Audyt podatkowy przeprowadza się w specyficznych sytuacjach, m.in.:
Z przeprowadzonego audytu podatkowego Szef KAS sporządza odpowiednią opinię. Może ona być pozytywna, negatywna lub może przybrać postać zalecenia wskazującego wraz z uzasadnieniem, jakie czynności podatnik powinien podjąć w celu usunięcia stwierdzonych w ramach tego audytu nieprawidłowości, wraz z uzasadnieniem.